現在本センターは、本州中央部の標高約1,300mの高冷地にあるという立地条件に加え、広く多様な実験地、施設・設備を有していることから、生物科学、地球科学、農学などの自然環境に関連する研究の場として機能しています。自然豊かなフィールドは筑波大学以外の国内外の大学・研究機関にも開放され、毎年多くの研究者が利用しています。また、センターの基本的な業務として気象観測も継続的に行われており、研究の基礎資料として活用されています。この気象データや生物科学に関する資料・専門的知識を地域や社会へ公開することも、本センターの重要な活動の一つとなっています。

• 温暖化が山岳森林限界部の生物多様性と物質循環に与える影響（信州大・岐阜大と共同）
• 温暖化が高原の植物群集に与える影響
  
• 標高万能植物の標高適応機構の解明と温暖化適応遺伝子の探索（京都大・東邦大・信州大・理研・チューリッヒ大等と共同）
• 山岳性昆虫の遺伝的分化に与える標高や山岳地形の影響（信州大と共同）
• 植物−菌根菌の共生系に対する標高や温暖化の影響（日大・信州大と共同）
• 高山植物（お花畑）帯の衰退ホットスポット特定のための基礎技術開発（信州大と共同）